云山石室位于文峰塔东北面，是明朝大学士黄道周少年时期读书休息的另一场所。

    石室由三四块巨石的上端纵横互叠，顶部缝隙用石片塞就而成的。洞内地面平坦，宽3米，深5米余，可容20余人。洞内右侧，有一弧形石室，对面有三块方形石块，可做石凳，石室内冬暖夏凉，清幽异常。洞口有路振飞镌刻“盘涧”，又有黄道周亲笔题写的“云山石室” 四个大字，字长160公分，宽50公分，苍劲有力。其南面横书“黄石斋先生读书处”，北面额书“高山仰止”。黄道周在《过石斋小作二章》中写道：“选石安奇字，绷巢度鬼工。何当疑客子，破窦与云通”。他学贯天人，高风亮节，为国捐躯，实现了自小“破窦与云通”的凌云壮志。

    倚石观海，睹室思人，常令游客慷慨悲歌！所以使然者，其一，慨叹此处江山之壮丽，碧波浩荡，绿岛点缀；宝塔高危，古城巍峨，可谓绝无仅有。其二，慨叹伟人成才之不易。这崇祯朝最饱学之士，首辅第一号候选人（惜其过于耿直，终没有入选），其成才条件却是如此简陋。其三，是地灵，方有人杰。哲人受如此壮丽山河之灵气岁熏月陶。哲人虽惜其命，更惜江山、更惜真理。所以，在外族入侵，山河破碎之时，在真理玷污之时，尚若与生命不可兼得，哲人必如孟子所言，舍生而取义也。

    正因为如此，历代史家、政要、文人墨客，在一览黄道周先生读书处时，不免怀古感旧，引吭高歌：
    《明史黄道周传》评曰：“道周学贯天人，所至学者云集。铜山在孤岛中，有石室。道周自幼坐卧其中，故学者称为‘石斋先生’”。

    黄道周在金陵殉难后，曲周路振风飞过铜山，热泪纵横之余，有《吊黄石斋先生》诗。

    清末诗人，书法家马兆麟先生诗云：“前明黄石斋，此地乐晨夕；浮白读《汉书》，研朱点《周易》。”

    民国初年巡按使许世英南巡至此，有《访黄石斋先生读书石室》诗曰：“奇峰怪石钟灵气，大海共涛姿远观，天与斯人存正义，心伤王业未偏安。谈经早具千秋想，入室今犹六月寒；怅望空门一洒泪，曩时谁复共艰难。”怅然感怀至极！